El caso se complicó por "las cartas del cofre", que eran en realidad ocho cartas presumiblemente de María a Bothwell, hecho dado a conocer por Jacobo Douglas IV conde de Morton, el cual las habría encontrado en Edimburgo en un cofre de plata que tenía grabado la letra F (posiblemente la inicial de su primer marido, Francisco II de Francia), junto con otros documentos, incluyendo el certificado de matrimonio de María y Bothwell